De nombreux cours d'eau, d'origine naturelle ou anthropique, sont recensés sur le territoire du SAGE.
Le réseau hydrographique

Créée par la Loi de Modernisation de l’Action Publique Territoriale et d’Affirmation des Métropoles (MAPTAM) du 27 janvier 2014, modifiée par la loi pour une Nouvelle Organisation de la République (NOTRe) du 7 août 2015, la GEstion des Milieux Aquatiques et la Prévention des Inondations (GEMAPI) sera une compétence obligatoire pour intercommunalités le 1er janvier 2018.
A ce jour, le territoire du SAGE n'est pas intégralement couvert par des structures gestionnaires de cours d'eau, mais la donne devrait changer à court terme avec la mise en oeuvre de GEMAPI.
Le Syndicat mixte du bassin versant des lacs du Born (SMBVLB) vient d'engager une étude de définition d’une stratégie de gestion des cours d’eau sur son territoire!
La continuité écologique est définie comme la libre circulation des espèces biologiques et le bon déroulement du transport des sédiments. L’article R.214-109 du Code de l’environnement précise ce que l’on entend par obstacle à la continuité écologique.